Desde a sua fundação até os dias atuais, a empresa São Marcos caracteriza-se por zelar de forma atuante no que diz respeito ao meio ambiente. Em virtude disso, apóia vários projetos locais que trabalham a parte educativa, preventiva e corretiva, além de participar do conselho do meio ambiente CONDEMA na cidade de São Marcos.

Em todas as suas unidades operacionais, a empresa adota a coleta seletiva, destinando adequadamente todos os resíduos gerados para a execução dos serviços prestados.

Somando-se a isso, conta com veículos de apoio com tecnologia FLEX, utilizando o álcool, visto que é uma fonte de energia menos poluente.

A fim de homenagear a fauna e a flora mundial, a empresa dispõe de um nome para cada veículo, que é fixado na parte traseira, cada qual com sua peculiaridade. Até o momento nossa frota tem o orgulho em homenagear: Águia, Andorinha, Arara, Atobá, Beija-Flor, Bem-te-vi, Borboleta, Caramujo, Cardeal, Cavalo Marinho, Cisne, Coala, Coiote, Condor, Coruja, Curió, Dálmatas, Ema, Falcão, Flamingo, Formiguinha, Gaivota, Garça, Garoupa, Golfinho, Gralha, Gralha Azul, João-de-Barro, Lince, Lobo, Louro, Martim Pescador, Papa Terra, Pelicano, Piracema, Puma, Quero-quero, Raposa, Sabiá, Tachã, Tangará, Tuiuiú, Urso Panda.

Em 2009 iniciou sua participação no programa DESPOLUIR, idealizado pela FETERGS (Federação das empresas de transportes rodoviários do Rio Grande do Sul), visando a diminuição dos níveis de poluentes emitidos pelos veículos de nossa empresa.